La intención original de Collingwood, a bordo de su rápido navío el Royal Sovereign de 100 cañones, era romper la línea de 12 navíos antes del final pero tras la sorpresiva virada de la combinada se encontró dirigido hacia los navíos 18 y 19, el Santa Ana de 112 cañones y Fougueux de 74. A diferencia que la columna de Nelson, no llegarían los navíos de esta en sucesión sino que acabaron arribando a un tiempo en toda la retaguardia enemiga. Formaban la columna 15 navíos, más que los de Nelson, pero se enfrentarían a la antigua escuadra de orservación de Gravina y eso no era nada fácil, incluso para ellos.
Los primeros tiros fueron disparados un poco antes de las 12.00, entre el Royal Sovereign de Collingwood y el navío francés Fougueux, estrechamente seguido del Santa Ana, el español Monarca de 74, y los franceses Pluton de 74 e Indompable de 80. El Royal Sovereign, recién reparado en los astilleros y limpios sus bajos, se había separado muy por delante de los demás en su división, casi una milla, haciendo comentar a Nelson: "Vean como el noble Collingwood lleva su buque al combate. ".
Tal y como comentábamos anteriormente con la cadencia de disparo de los navíos de la combinada contra el Victory de Nelson, damos los mismos datos pero en la parte que toca al insignia de Collingwood entre las 11:45 y las 12:20. El San Leandro (64) hizo 3 descargas en 10 minutos, el Indomptable (80) 4 descargas en 15 minutos, el Santa Ana (112) y el Fougueux (74), 5 descargas en 30 minutos. Haciendo un total aproximado de 743 proyectiles disparados al Royal Sovereing, de los cuales unos 111 (15%) dieron en el blanco. De estos 78 hicieron blanco en la arboladura y jarcia del navío (78%) y el resto al casco.
El Fougueux da vela para evitar que el navío británico pase por su proa y el Santa Ana reduce la marcha para cerrar el hueco que el Royal Sovereign iba a traspasar, pero ya era tarde. El Royal Sovereign asaltó por el hueco, atacando al Santa Ana en una brutal enfilada a doble bala que dejó muy maltrecho al español.

Poco después se puso a su costado de estribor. El buque británico se encontró momentáneamente rodeado, encajando severas andanadas del Santa Ana, Fougueux y Monarca. Se suele poner como ejemplo de la brutalidad con que se recibió al Royal Sovereign cuando una casi "legendaria" primera andanada que le despachó el Santa Ana de Álava, a "tocapenoles", que le llegó a escorar de tal forma al buque de Colingwood, que asomaron varias tracas de la elevación por el costado contrario. Eso sí, acto seguido el buque británico también respondió de la misma forma. El navío de Collingwood también estuvo durante unos interminables 15 minutos combatiendo contra el Fougueux y el San Leandro, además de andanadas lejanas del Indomptable y el San Justo. En ese corto espacio de tiempo llegó a ser tan intenso el fuego cruzado que muchas de las balas chocaban en el aire.
El San Leandro, mandado por D. José de Quevedo, se situaba a sotavento de la aleta de estribor del Royal Sovereign (el comandate español en su relato de los hechos equivocadamente lo confunde con el Victory, debido a las insignias en el trinquetes de ambos buques) y lo atacó bravamente contribuyendo al desmantelamiento de este. Con una de las carronadas de a 32 libras del San Leandro desarboló del mastelero de juanetes de proa al buque inglés, siendo este buque español uno de los pocos navíos de la flota combinada que portaba este tipo de cañón naval.
El británico Belleisle de 74 cañones, el segundo de la columna de Collingwood y también bastante adelantado, se abrió camino por la popa del Fougueux recibiendo este el fuego pesado de enfilada. Pero habíendose quedado sólo también el Belleisle luchó con el Indomtable y el San Juan Nepomuceno, de 74 cañones y mandado por Churruca, perdiendo su palo mayor a las 12.45. Alrededor de la 1.00, el Fougueux se acercó por estribor. Media hora más tarde, el Achille (el francés) se desplazó a su altura, mientras el Aigle de 74, San Leandro de 64 y el San Justo de 74 aparecieron por sus costados atacando sin piedad. Para poner las cosas más difíciles para el Belleisle, el poderoso navío de Gravina, el Príncipe de Asturias de 112 cañones, también llegaría a dispararle, aunque algo más alejado, mientras que el Neptuno (el francés) también se desplazó para atacar. Rodeado y acosado por cinco barcos enemigos, el Belleisle de algún modo logró aguantar hasta las 3.15 cuando el Polyphemus de 64 se puso entre él y el Neptune (el francés) salvándole de su seguro apresamiento o hundimiento.

A las 3.20, el Defiance de 74 atacó al Aigle y unos minutos más tarde, el Swiftsure (Británico) atacó al Achille (el francés). Sin mástiles de cual colgar una bandera, la tripulación desesperada del Belleisle con orgullo mostró su bandera en un palo improvisado. Viendo al Argonauta español rendido, el Capitán del Belleisle hasta logró enviar posteriormente un pelotón de abordaje para reclamar la presa.
El Argonauta español, antes de acabar rendido había sido de los primeros en entrar en combate y de recibir en sucesión a todos los navíos británicos que se dirigían hacia la retaguardia. Todas las andanadas posibles le fueron encajadas sin misericordia, haciendo que los británicos tras la batalla comentaran la gran resistencia del navío español. Recomendamos lean el capítulo del epílogo donde se detalla más esta parte. Pero sigamos en batalla.
El Revenge, de 74 cañones, aprovechó un hueco para colarse por la línea, atacando en enfilada al Aigle francés, para soportar a continuación por su lado de sotavento una andanada terrible del Principe de Asturias, tan devastadora que el buque británico no pudo ni responder; al intentar zafarse del insignia español fue a dar con otros tres navíos más de dos puentes, probablemente el Neptune, Indomptable, y el San Justo, barcos casi frescos del centro, que siguieron cañoneando continuadamente al Revenge, hasta que el Dreadnought y el Thunderer subieron y contratacaron al español de tres puentes y pasaron a salvar al arrinconado Revenge, que hubiera terminado destruído o capturado sino hubieran llegado los refuerzos. Pero logró mantenerse gracias a que los navíos británicos llegaban continuamente y se auxiliaban mutuamente atacando como se ha explicado anteriormente.
El Mars, de 74, siguió y atacó al francés Pluton. Poco después atacó al San Juan Nepomuceno, Monarca, Pluton y Algesiras, pero para evitar chocar contra el Santa Ana fue atacado por el Monarca y el Algesiras. Abriéndose camino entre el Pluton y el Monarca, el británico Tonnant de 80 cañones vino al rescate. El Fougueux se alejó a la dirección del Temeraire, mientras el Pluton, amenazado, se alejó hasta el Príncipe de Asturias.
El principal objeto de los buques británicos era el apresamiento del buque insignia del general Gravina, el Principe de Asturias. Pero no era tarea fácil. Los británicos sabían que Gravina no era un enemigo fácil (seguramente estaban sus comandantes informados de su brillante actuación en Finisterre) y atacaron en "manada". El "Príncipe" tuvo que luchar contra los navíos Defiance y Revenge en un principio, a este último ya sabemos lo que le ocurrió. Al Defiance le dejó desarbolado de un palo y varias vergas tras un intenso cañoneo, que le obligó a dejar su puesto a otro navío británico, mientras salía del combate a intentar reponerse.
En este momento de la batalla el "Príncipe" parece que se las apañaba muy bien, con las baterías continuamente servidas y sin excesivos daños graves.
Pero la entrada del Prince y posteriormente del Dreadnought, ambos de tres puentes, pondrán las cosas muy difíciles a Gravina, que es relevado por Escaño en el mando, al ser gravemente herido por el ataque fugaz del Prince. El San Ildefonso, que se haya a proa del Príncipe de Asturias, vira en redondo para equilibrar la pelea, pero al notarlo los navíos británicos Dreadnought, Poliphemus y Thunderer arriban a todo trapo sobre los españoles, teniendo el San Ildefonso que arriar la bandera, después de una defensa desesperada, y que con su actuación logró que el Príncipe de Asturias lograra salir de la encerrona. Un sacrificio que no resultó inútil.

El Tonnant se dirije directamente al Algesiras, disparando antes al Monarca, que andaba ya maltrecho, obligandolo a su rendición temporal. El Algesiras es atacado entonces por el Tonnant, quien inicia el abordaje del buque francés, mientras el Monarca iza la bandera otra vez y sigue el fuego, tratando de apoyar a su insignia. El Contralmirante Charles Magon, a bordo del Algesiras intentó abordar a su vez al Tonnant, pero un tiro oportuno de un cañoneo lleno de metralla de las carronadas británicas diezmó su pelotón de abordaje. La batalla continuó durante una hora a estribor del Tonnant atacando al Algesiras, a proa disparando al Pluton y con los cañones guardatimones disparando al San Juan Nepomuceno. El Tonnant muy dañado finalmente rinde al Algesiras cerca de las 2.30.
El Príncipe de Asturias se queda solo, Gravina ha sido muy mal herido en el brazo, al igual que Escaño en un pie por las heridas producidas por el ataque del acosador Dreadnought, y los palos de mesana y mayor amenazan con venirse abajo. Pero el San Justo y Neptune consiguen llegar hasta él y hacen retroceder al navío británico. Gravina indica a la fragata Thémis que lo remolque y da instrucciones a los demás navíos que puedan navegar, que lo sigan hasta Cádiz, uniéndosele de camino otros navíos españoles y franceses.
Con 11 navíos, algunos muy dañados, pone rumbo a Cádiz. Atrás queda el San Juan Nepomuceno, desarbolado, acribillado, y muerto su comandante Cosme Damián Churruca. Una bala de cañón lo derribó, pero el se levantó diciendo "Esto no es nada, siga el fuego", al poco tiempo muere desangrado al igual que el segundo comandante. El San Juan Nepomuceno es apresado al no poder seguir a Gravina.
El Bellerophon pasó a estribor del Monarca, que recordemos había izado de nuevo la bandera dispuesto a defender al Algesiras francés, y se desplazó a sotavento del Aigle, sobre las 12.50. Entonces el Monarca y el Montañés de 74 se unieron en la lucha contra el navío británico. El Montañés perdió otro mástil mientras el Bahama, recibió un ataque devastador del Colossus de 74 cañones, quien se incorporaba a la acción totalmente impecable. A las 1.45, el Aigle perdió un mástil y fue atacado sucesivamente por el Bellerophon y el Revenge de 74. El Bellerophon disparó sus cañones restantes al Monarca quien se rindió definitivamente.
El Colossus atacó un costado del Swift-sure (el francés) y a la 1.00 surgió de entre el espeso humo el Argonaute francés y se atacaron. Durante los siguientes 10 minutos se batieron ferozmente el uno al otro, hasta que la fuerza de sus tiros y el viento los empujó aparte. El Argonaute finalmente después de una breve escaramuza con el Revenge, se dirigió a Cádiz uniéndose a Gravina. El Colossus no se molestó en seguir al Argonaute, y atacando tanto al Swift-sure (el francés) como al Bahama, obligó a la rendición de este último alrededor de las 3.00. El Swift-sure (el francés), todavía sin muchos daños, fue a la ayuda del Bahama, virando y situandose a su estribor, cubriéndole de los disparos del británico, pero fue duramente atacado por el Colossus y el Orion, quien acabaría rindiéndolo a las 3.30.
El Achilles (Br), viniendo a la ayuda del Bellerophon, desafió al Montañés, quien atacó en la distancia, antes de encontrarse por casualidad con el Berwick, con quien luchó durante una hora. Mientras, el Achille (el francés) se puso a babor del Achilles británico y el Berwick. El Achille (el francés) continuó hacia el Bellerophon mientras el Aquiles (Br) y el Berwick lucharon entre ellos durante una hora hasta que el Berwick se rindió.

Alrededor de las 2.00, el Dreadnought de 98 cañones, se incorporó a la acción con el ya machacado San Juan Nepomuceno, que se rindió a continuación incapaz de sostener ningún fuego y asediado por todos lados. Entonces el Dreadnought salió en persecución del Príncipe de Asturias quien intentaba dejar la acción. El Dreadnought y el Príncipe de Asturias cambiaron algún fuego como se ha visto anteriormente, pero el Dreadnought aunque había hecho honor a su nombre (se podría traducir con algo parecido a Sin miedo) era demasiado lento, a pesar de estar en perfectas condiciones, y no pudo seguir con la persecución. Este navío y el Britannia eran buques muy bien armados y servidos, pero pésimos veleros, de ahí que llegaran tan tarde al combate. Además, la llegada de nuevos refuerzos hizo que el Dreadnought buscara piezas más solitarias.
El británico Defense de 74 había luchado con el Berwick durante media hora antes de que este escapara alrededor de las 3.00. Buscando a otro opositor, encontró al San Ildefonso por casualidad, con quien luchó durante una hora antes de la rendición del español que se tuvo que enfrentar también con el Polyphemus.
El Defiance, después de que el Defense fuera dañado por el Príncipe de Asturias, e incapaz de dar persecución se encontró con el Aigle, ya muy dañado, por casualidad y no encontrando ninguna resistencia, envió marineros que izaron la bandera británica, pero tuvieron que arriarla bajo el fuego de mosquete de la tripulación. Cuando el pelotón de abordaje trepó por la popa, el Defiance alejado a una distancia de aproximadamente 50 metros, atacó al Aigle durante 25 minutos a placer antes de asegurar la rendición. Más tarde, encontró al San Juan Nepomuceno que iba a la deriva, ya que había sido abandonado por el Dreadnought, que intentaba infructuosamente dar caza al buque de Gravina, y aseguró su rendición también. Como se ve los últimos navíos británicos no vieron mucha acción y prácticamente se dedicaron a rematar a los navíos que encontraban, prácticamente sin ninguna resistencia.
Alrededor de las 3.30, el Swiftsure (Br) y el Achille francés combatían, después de que este había estado atacando al Belleisle. El Polyphemus, quien había estado combatiendo con el Neptuno (el francés) atacó por el otro costado. En este momento de la batalla 11 de los 19 barcos de la segunda mitad de la línea aliada se habían rendido y siete había escapado. El Achille (el francés) prendió fuego y fue atacado por el británico Prince de 98 cañones. En este punto hay controversia porque otras fuentes situan al Prince a la altura del Santísima Trinidad a esas horas. Por lo que se ve aun hoy hay muchos datos que no concuerdan y otros que difieren según quien los cuente.
Según los británicos se enviaron botes al incendiado Achilles francés, para rescatar a la tripulación que fuera posible antes de que este explotase, rescatando aproximadamente 100 hombres de las llamas. Cuando el fuego alcanzó el polvorín, el Achille francés voló alrededor de las 5.45, marcando casi el final de la batalla. Es de destacar que el malogrado buque francés no se rindió, sino que continuó haciendo fuego hasta el final, por lo que los botes británicos serían puestos al agua tras la explosión del navío, y no antes.
Sólo cañoneos aislados se escuchaban en un mar que se empezaba a agitar peligrosamente. Collingwood mandaba ahora la flota británica, tras la muerte de Nelson y debido al mal estado en que había quedado su navío el Royal Sovereign, tuvo que desalojarlo e izar su insignia de vicealmirante a bordo de la fragata Euryalus.
Esta parte de la batalla fue mucho más encarnizada que la de la columna de Nelson, donde salvo cinco o seis navíos de la combinada (Bucentaure, Redoutable, Trinidad...) no tuvieron una actuación muy destacada, debido a su mala posición inicial y los recelos de algunos comandantes a arriesgarse. En la retaguardia no ocurrió así y se libró un terrible combate en el que los británicos sufrieron más de lo esperado, sin poder acabar con el segundo buque insignia. No hay que decir que en esta parte de la batalla los británicos sufrieron la mayor parte de sus daños personales y materiales. Los dos únicos comandantes de navío británicos muertos en la batalla pertenecían a esta columna, además de cuatro capitanes heridos en el resto de buques. En concreto murieron el capitán del Bellerophon por un disparo de mosquete en el pecho cuando estaba recargando sus pistolas y el del Mars, que fue decapitado por una bala de cañón, que también mató a dos marineros que estaban detrás de él. Por contra la columna de Nelson no sufrió la muerte de ningún comandante de buque, ni heridos de gravedad, excepto la ya conocida baja mortal de Nelson.
El combate había acabado, pero lo peor estaba por llegar.
Casi a continuación de la carnicería, un fortísimo temporal azotó la zona, de tal manera que los británicos perdieron la mayoría de sus capturas (a consecuencia del temporal, porque fueron represados o hundidos por los propios captores para evitarlo), y diezmó aun más a las tripulaciones de las tres escuadras en litigio, que no pudieron llegar a ningún puerto hasta una semana después de la batalla.